En el año 1873 participó en la Exposición Universal de Viena y en la Regional de Sevilla, en la que obtuvo dos diplomas con mención honorífica.

En el año 1968, un grupo de alumnos obtuvo el premio «Alejandro Aguado» de Argentina por un trabajo titulado Intento de establecimiento en la Patagonia en la segunda mitad del siglo XVIII.

En el curso 1998-99 dos alumnas de nuestro Proyecto obtuvieron premio en el certamen «Juegos Paléstricos» convocado por la Diputación Provincial de Sevilla, en la modalidad «Investigación en equipo», por el trabajo titulado D. José Centeno y González. Catedrático de Filosofía del Instituto «San Isidoro» (s. XIX-XX).

En el mismo curso otras dos alumnas de nuestro Proyecto y la profesora que las dirigió obtuvieron diploma con mención de honor en el V Premio nacional «San Viator» de investigación en ciencias y humanidades, por el trabajo titulado Nicolás Antonio. Bibliógrafo e innovador.

En el curso 2000-2001, una alumna que había participado en nuestro Proyecto el curso anterior, presentó al VII Premio nacional «San Viator» de investigación en ciencias y humanidades el trabajo titulado Juan de Cabriada. Un médico innovador (S. XVII), que obtuvo el 6: premio, tanto para la alumna como para la profesora que lo dirigió.

Premio al Mérito Docente 2007 otorgado por La Delegación Provincial de Sevilla a tres profesoras que, ya jubiladas desde hace varios años continúan su labor trabajando para el Centro con la misma ilusión que el primer día:

• Esperanza Albarrán
• Rosario López
• Ramona Nuñez

En el año 1995, con motivo del 150 aniversario de su fundación, le fue concedida al instituto la Medalla de la Ciudad de Sevilla.